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———特别篇17 目录———

第 202  回  VS熔岩虫Ⅱ
第 203  回  VS顿甲
第 204  回  VS落雷兽Ⅰ
第 205  回  VS落雷兽Ⅱ
第 206  回  VS笨笨鱼
第 207  回  VS猫鼬斩&饭匙蛇
第 208  回  VS猫鼬斩&饭匙蛇
第 209  回  VS请假王Ⅰ
第 210  回  VS请假王Ⅱ
第 211  回  VS请假王Ⅲ
第 212  回  VS玛力露丽Ⅰ
第 213  回  VS玛力露丽Ⅱ
第 214  回  VS大嘴鸥

（接199回）
路比和沙菲雅在到达凯那市后分道扬镳。另一方面，得到了探测器的火岩队获知潜水艇即将完工的消息，也决定在凯那市展开行动。
路比的水跃鱼祖祖进化成了沼跃鱼。他在凯那市的海堤上遇到了神奇宝贝俱乐部的会长，会长热情邀请他成为名誉会员，同样痴迷于神奇宝贝的可爱而反感战斗的两人谈得颇为投机。会长带路比来到凯那市的选美赛场，却被告知必须先到绿荫镇领取参赛证并通过低级别的比赛才能参加这里的比赛。苦求无效后他们决定一起到精灵中心做些能量方块。由于只有两个人无法做出高质量的方块，会长不管三七二十一地把两个路过的人硬拉了进来。
孰料那两名路人正是火岩队寻找的目标，他们用煤炭龟发动了突袭，将毫无防备的四人一起抓走。
路比和会长醒来的时候已经被绑起来锁在了一个房间里。房间外，火岩队的成员对刚才和路比一起制作能量方块的两名路人展开了拷问。从门缝看着外面情况的路比回想起自己上次与火岩队的遭遇，庆幸没有被他们认出来。会长认出刚才的路人原来是海洋博物馆馆长库斯诺吉和造船厂的贺先生，他发现他们原来被关在郊外的造船厂中。会长请路比拿出训练师的实力对付坏人，路比却拒绝了。
火岩团的火影以贺先生为威胁逼库斯诺吉说出让潜水艇正常运行所缺少的东西。库斯诺吉不得已而道出了让潜水艇潜进海底洞窟所缺少的装置已由得文公司负责制造的秘密。得到情报的火影准备除掉这些人，打开密室的门却发现路比和会长正趴在门上偷听。火影命熔岩虫发动攻击，不料路比却带着祖祖逃进了尚未完工的潜水艇里，还一路撒下那只熔岩虫最喜欢的能量方块将它诱了进来。火影无奈追了进去，而此时安全装置被解开，潜水艇‘海渊一号’下水了。
潜水艇狭小的空间里，火影使出了操纵火焰幻影的拿手绝技，试图用精神压力让路比崩溃。造船厂中，会长问库斯诺吉为什么不停止制造那个重要装置以防止坏人得逞。库斯诺吉无奈地说那个装置按计划已经该完成了，只是由于惟一的知情人兹伏奇社长受到袭击昏迷不醒，这个装置至今下落不明。
路比在火影操纵的幻影中看到了自己最不愿看到的，儿时随父亲学习战斗的情景。然而痛苦的回忆却激发出了他内心深处的斗志，路比命祖祖使出了地震，趁紧急避难出口打开的时候乘救生舱逃离了海底。然而潜水艇最终是落到了火岩队手中。
与此同时，沙菲雅来到了紫堇市郊外的110号道路上。她决定一面收集训练馆徽章，一面打听大吾的线索。谁知走着走着她忽然踩到一片会翻动的草地，险些掉进下面的洞里，好不容易爬上来却又被一群机器人抓起来送到两个奇怪的人面前。原来那是紫堇市的铁旋和发明家阿关，他们为抓到一只淘气的顿甲设下了圈套。然而当沙菲雅说到地面突然翻动的事情二人却非常吃惊地说那并不是他们做的陷阱，而很可能是他们一直在寻找的‘新紫堇底下城’，他们要沙菲雅赶紧带他们过去。
沙菲雅带着另两人来到了地下城的入口，这时忽然来了一群向铁旋挑战的孩子。沙菲雅惊讶地发现铁旋原来就是紫堇训练馆的首领，铁旋却很随意地说要送她一枚徽章作为发现地下城的奖励。沙菲雅愤怒地拒绝了，徽章掉下来砸到了那只淘气的顿甲身上，顿甲愤怒地冲向他们。
慌不择路的3人连同顿甲一起掉进了地下城中。据说这座地下城是紫堇人的祖先为了缓解紫堇市用地紧张的状况而修建的。沙菲雅和阿关发现铁旋不见了，循声找去发现他和他的电气神奇宝贝被一个巨型的发电机吸了起来。巨型发电机向他们发动了攻击，沙菲雅这才明白原来顿甲是感觉到附近电磁波的变化才捣乱以引起人们注意的。阿关找出了发电机的攻击原理，沙菲雅巧妙地利用铁旋落雷兽的避雷针特性，和顿甲一起打败发电机救出了铁旋。他们在发电机的背后找到了阿关祖先留下的新紫堇的秘密，原来这座地下城是一座巨大的游乐场。
沙菲雅收下了铁旋的徽章并收服了顿甲，又踏上了旅程。
从118号公路附近浮上水面的路比看到电视上关于不明身份者侵入造船厂的报道，其中拍到了有关他的镜头，他不由担心会不会被爸爸看到。路比决定乘救生舱沿水寻找城市，划着划着却缠到了一个人的钓鱼线上。为了补偿钓鱼人路比决定帮他钓鱼，可是无论钓多少次总是钓到同一只丑陋的笨笨鱼，他一次次把它丢回水里。等路比知道钓鱼人就是想要钓这只鱼赚大钱时，笨笨鱼却又不小心被撞掉回水里去了。
电视台的记者来到凯那市向库斯诺吉报告兹伏奇社长被袭击和装置被盗的消息，路比的爸爸，橙华市道馆首领千里忽然出现向他们询问事情情况。记者们想请他帮忙对付邪恶组织，一心想找到儿子的他却没耐心听下去，自己跳进水中探清水流方向便骑摩托车飞驰而去。不甘心的记者们也追了过去。
路比和钓鱼人一直等到晚上也没再钓到那只笨笨鱼，反倒被卷进了饭匙蛇和猫鼬斩的夙敌之争中。危机时刻笨笨鱼衔着路比的导航仪跃出水面，用光墙使他们逃过一劫。二人趁机放出神奇宝贝反击，最后成功逃进了一栋建筑里。钓鱼人说那只笨笨鱼非常喜欢路比，让路比带上它，路比勉强答应了。
路比准备调查一下这座空房子究竟是什么地方，祖祖却被丢在地上的能量方块吸引，一路沿走道爬了过去。路比发现祖祖不见了，又看到地上的糖块，也追了过去。楼梯上面的房间里，路比惊恐地发现，竟是自己狂怒的父亲千里找到了这里……