口袋妖怪护林员的背景是一片叫做Fiore的山地，远离我们熟悉的石英、城都、方圆和橘子诸岛。在游戏中，玩家可以自行选择男/女主角，成为Hayate为铃音镇征募来的新护林员。
游戏最开始的情节是固定的，你的第一个任务将在Hayate的指导下进行。接下任务之后，你到Raira森林中寻找一只失踪的口袋妖怪。在野生妖怪们的帮助下，主角成功地完成了任务，将失踪的口袋妖怪带回到它的训练家身边。从这一刻起，你便成为一位正式的护林员了！像在口袋妖怪不可思议迷宫的救助等级那样，护林员的世界里也会有不同的护林员等级哦~