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第一  “口袋水晶版”最独特的水君剧情
可以说水君是水晶版的主演。虽然在金银中是在草丛中移动，但这次会在铃铛塔发生战斗剧情。关于传说精灵的谜也会慢慢揭开。

最初出现的是和金银一样在烧焦塔。在这里逃出后，也会在很多地方和主人公相遇
得到“透明铃铛”后可以到铃铛塔战斗。和路基亚、凤凰一样只有唯一的捕获机会。

追逐水君的人：米纳君
“口袋水晶”的新角色，是追逐水君的训练师。有时候还跟主人公战斗


第二  阿鲁夫遗迹的新地方
只有在阿鲁夫遗迹里出现的谜般的精灵未知图腾，在水晶版会更神秘。拼石板的部屋中的壁画会有一个提示。根据提示可以让隐藏部屋出现。
在部屋有一行未知图腾拼起来的字符，用日文罗马音时ANANUKE，穿洞。在这里用穿洞的绳子可以到隐藏部屋里面去。
落到隐藏部屋后，再下一层，地板上尽是未知图腾的字符。在字符中会藏有一定信息。


第三  变更了七彩羽毛的入手剧情
金版是在电台剧情结束后，银版是在尼比市得到“七彩羽毛”，但在水晶版入手方式有所改变。
在通关后对和尚对话可以得到七彩羽毛，得到后可以去捕捉凤凰了。


第四  龙穴中的新剧情
金银版中只是去取龙牙而已的龙穴，这次可以进入屋子。里面的长老会问你问题，五个问题必须答得很正确猜可以得到徽章。
问题如果答不对的答案会让你重新选择，最好一次也不重复。
只要没有一次答错，第二次来时可以得到学会“神速”的迷你龙。如果有答错的话就不会得到。


第五  新电台节目“敖易的绕口令”
在水晶版有一个新电台节目“敖易的绕口令”每天下午6：00~凌晨0：00之间，在成都地区播放。
对敖易对话后可以得到蓝色卡，用来存积分
听节目后去小金市2F右下的地方，选择正确的绕口令可以获得积分。
给戴绿帽子的服务员对话可以用积分换取奖品，奖品为：
2积分——超级球/恢复药
3积分——金色珠/省级糖
5积分——提高攻击/防御/敏捷/特殊/HP的药品


第六  登陆电话号码的新要素
水晶同金银可以登陆训练师电话号码。但这作加了更多的东西
在成都地区打倒训练员后对话可能会要求交换电话号码。最多可以登陆10人
登陆电话号码后有时会打来电话，邀请再战。水晶版本对手也会提高精灵等级。
变更的一点是有些训练师会打电话给你道具。里面会有进化石等贵重的物品。


第七  看穿老婆婆
在糖巴镇北侧有看穿老婆婆的家。她可以告诉你抓住这精灵的场地、时间、亲密度。而且在她说的地方让这一只精灵战斗会提高亲密度。
注意必须是水晶版里面抓到的精灵才可以看穿，其他通信来的都不行。


第八  学习技能大叔
只要打过一次四大天王后在星期三或星期六来到小金市的游戏场，门外有一个大叔，可以用硬币换技能。硬币4000枚虽然有些贵，但是学习的技能都是“十万伏特”“火焰放射”“冷冻光线”很有用的招数。有些精灵学习不了要注意。


第九  可以选择男女主角
金银以前都是只能选择一种主人公，但这次可以在游戏开始时选择男女主人公。选择女孩子后有些画面根男孩子的画面有所不同


第十  升级学习的技能稍稍改动
只有一部分的精灵，升级学习的技能有所改动。但是没有技能机器的改动。
例如伊布，Lv36可以学习接力棒了。把回避率等提高后再换精灵可以保持效果的技能。
三地鼠也有变化，在初始已经学习了三角攻击，可以得到后直接使用